勞動部官員說，長榮航空在罷工前公告「若罷工將暫停員工免費機票3年」，並且只限參與罷工者，公告時間敏感且具針對性。另外在工會舉辦罷工投票期間，在投票處架設監視器也企圖影響會員不敢投票，這兩項行爲有妨害工會會員行使團結權，離間以及使會員心生畏懼等，構成不當勞動行爲，勞動部將依法開罰，2項合計可罰6到30萬元。
工會表示，這是長榮航空第一個被認定違反工會法的案例，長榮航空公司應懸崖勒馬，立即恢復全體員工使用員工優待機票之權益，停止製造差別待遇和繼續打壓工會，重新修復勞資關係。
針對裁決委員會決議對長榮航空進行裁罰，對此結果長榮航空深表遺憾，認爲勞動部的裁決結果已經嚴重損害公司治理，也影響民營企業自主管理的權限，會依規定繳納罰款，也會於接到裁決書後進一步研究提出行政訴訟之可行性，爭取公司應有的權益。
長榮航空再次強調，0508公告是公司告知全體員工一旦發生罷工時的應變措施，公司給予員工獎勵措施應屬公司治理的一部分，提供員工的各項福利也應該有依營運狀況作調整的權利，這是法律賦予公司的自主管理權，不應成爲不當勞動裁決的標的。
長榮航空指出，桃空職工很清楚的知道公司已經公告，一旦發生罷工，爲降低罷工造成的虧損，將不得不取消全體員工優待機票使用的福利措施，但爲感謝並獎勵仍願意出勤的員工，上述措施將不包含罷工期間支援公司之員工。桃空職工在發動罷工前，對內大聲疾呼「公司的優待票根本是乞丐票，寧可不要」，並以「你的一票絕對贏過乞丐票」鼓吹其會員投下罷工贊成票；但在罷工後卻刻意大動作要求公司應給予其會員與在罷工期間支援公司同仁相同的獎勵，此等前後不一、大玩兩面手法的行徑，長榮航空無法認同。
長榮航空在7月6日罷工結束當日與桃空職工簽訂協議，雙方皆同意漸進式給予優待機票，公司已按照協議在兩個月內提出漸進式給予優待機票方案，並在8月初已開放參與罷工者使用聯航優待機票。但桃空職工在罷工事件過後的四次協商會議中，不但不願接受公司所提出的漸進式恢復方案，反而極盡各種方式於一個月內進行三次向主管機關施壓的活動，包括9月6日到勞動部抗議、9月18日聯合立法委員召開記者會、9月27日到勞動部於24小時內舉辦3場記者會及靜坐。而且該工會爲達目的，甚至對長榮航空進行一連串的抹黑，包括不顧飛安，打壓勞權、妨害言論自由…等，不但不願讓公司營運回歸正常軌道，更刻意阻礙勞資間的融合。
長榮航空強調，本着照顧員工的精神，在勞資雙方尚未達成協議的情況下，仍決定依照8月6日協商時所提出的漸進式給予優待機票方案來執行。此外，也會依員工對公司的貢獻度及個別表現，視個案提前給予優待機票之獎勵，相信公司多項作爲已符合當時勞資雙方達成漸進式給予優待機票的原則和精神。
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